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發展沿革

民國34年10月台灣光復由新竹縣接管委員會接收新竹市役所厚生課改為衛生課，同年12月市政府成立隸屬於民政科衛生課。
民國35年10月20日奉准成立新竹市衛生院，設置總務、保健、防疫、醫政、藥政等股，並設門診部辦理新竹、竹東、香山、寶山之衛生業務，38年成立新竹市西區衛生所。
民國39年10月奉令改稱新竹縣衛生院，設一、二、三、四課辦理防疫、醫政藥政，試驗等業務，並成立香山新竹市、竹東、關西、新埔、竹北、湖口、新豐、芎林、橫山、北埔、峨眉、寶山、尖石、五峰等衛生所。
民國51年7月奉令衛生院改為新竹縣衛生局，設一、二、三、四、五、六課，各衛生所改隸於各鄉鎮市公所。
民國63年7月奉令各衛生所改隸新竹縣衛生局。
民國71年7月新竹市公所升格為新竹市政府，縣、市衛生局合署辦公，放76年12月1日，縣市衛生局分署辦公，並將新竹市、香山衛生所歸隸新竹市衛生局。
民國74年6月奉命成立第七課辦理食品衛生管理有關業務。
民國78年4月15日由新竹市世界街110號遷入新竹縣治，竹北市光明七街一號迄今。
民國102年7月22日考試院考授銓法五字第1023748853號函核備本局組織規程暨編制表，修正保健科名稱為「健康促進科」；修正醫政科名稱為「醫政長照科」；原有藥政科、食品衛生科合併成立「食品藥物科」，以及本縣毒品危害防制中心結合精神及心理衛生業務，新成立「毒防心衛科」。

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